how_to_build

   1 --------------------------------------------------------
   2   How to build Molby
   3   Version 0.6.5
   4   Toshi Nagata
   5 --------------------------------------------------------
   6
   7 Building Molby is somewhat complicated because you need static libraries of wxWidgets and Ruby (and CLAPACK in Windows). The procedures are described below for each platform.
   8 In the following, $MOLBY represents the Molby source directory, which should reside within a directory like $HOME/Development or something like that.
   9
  10 (1) Mac OS X
  11
  12 (i) Xcode, gfortran
  13
  14 Install Xcode, if you have not done so yet. The Xcode project included in the source distribution is for Xcode 3.0 and later, thus you need Mac OS 10.5.
  15
  16 To build AmberTools, you need to have gfortran installed. The author uses a binary build available at the "R for Mac OS X" website (http://r.research.att.com/tools/, gfortran-4.2.3.dmg).
  17
  18 We need static linking of libgfortran.a. For that purpose, the following modification should be done after installation of gfortran.
  19
  20 % cd /usr/local/lib
  21 % sudo cp libgfortran.a libgfortran-static.a  #  Copy as a different name
  22 % sudo strip -S libgfortran-static.a  #  Remove the symbols
  23 % sudo ranlib libgfortran-static.a
  24
  25 The last two lines are necessary to avoid linker warnings saying "Can't find atom for N_GSYM stabs."
  26
  27 (ii) wxWidgets
  28
  29 Get wxWidgets-3.0.0 from the wxWidgets official page in sourceforge.net (http://sourceforge.net/projects/wxwindows/files/). Newer versions may work, but they are not tested.
  30
  31 Unpack wxWidgets-3.0.0.tar.gz. Move the resulting directory wxWidgets-3.0.0 to $MOLBY/../.
  32
  33 Build wxWidgets. The commands will be as follows. Take care of the configure options.
  34 $ cd $MOLBY/../wxWidgets-3.0.0
  35 $ mkdir osx-build
  36 $ cd osx-build
  37 $ ../configure --with-macosx-sdk=/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk --with-macosx-version-min=10.5 --enable-universal_binary=ppc,i386 --disable-shared --with-opengl --enable-monolithic
  38 $ make
  39 (It will take quite long. You do not need to do "sudo make install".)
  40
  41 (iii) Ruby
  42
  43 Get ruby-2.0.0-p353.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory ruby-2.0.0-p353 to $MOLBY/../.
  44 $ cd $MOLBY/../ruby-2.0.0-p353
  45 $ CFLAGS='-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -O2' ./configure --prefix=$PWD/osx-build --with-arch=i386,ppc --disable-shared --with-ext=date --disable-install-rdoc
  46 $ make && make install
  47
  48 The osx-build directory contains lib (which contains libruby-static.a) and include (which contains include files). (There are also bin and share directories, but these are not used for building Molby.)
  49 $ make clean  #  Remove configure files and intermediates; the osx-build directory remains intact
  50
  51 ---- Old description (ruby 1.8.7) ----
  52 Get ruby-1.8.7-p160.tar.gz from the Molby source distribution site. Unpack it, and move the resulting directory ruby-1.8.7-p160 to $MOLBY/../. Rename it to ruby-1.8.7-static (or make a symbolic link).
  53 $ cd $MOLBY/..
  54 $ mv somewhere/ruby-1.8.7-p160.tar.gz ./
  55 $ tar xvzf ruby-1.8.7-p160.tar.gz
  56 $ ln -s ruby-1.8.7-p160 ruby-1.8.7-static
  57
  58 If you want to place ruby-1.8.7-static in another place (and/or another name) than $MOLBY/../, you will need to change the build settings in Xcode.
  59
  60 Patch the Ruby source.
  61 $ cd $MOLBY/../ruby-1.8.7-static
  62 $ patch --backup -p1 < $MOLBY/ruby-1.8.7-p160-tn.patch
  63 ($MOLBY is the location of the Molby source.)
  64
  65 Build Ruby with --disable-shared option.
  66 $ CFLAGS='-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch i386 -arch ppc -O2' ./configure --disable-shared --disable-thread
  67 $ make
  68 ---- end old description (ruby 1.8.7) ----
  69
  70 (iv) FFTW
  71
  72 Get fftw-3.3.2.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory fftw-3.3.2 to $MOLBY/../. $ cd $MOLBY/../fftw-3.3.2
  73 $ ./configure --prefix=$PWD/osx-build --disable-fortran CFLAGS="-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch i386 -O2"
  74 $ make && make install  #  sudo is not necessary
  75 $ ./configure --prefix=$PWD/osx-ppc-build --disable-fortran CFLAGS="-isysroot /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk -mmacosx-version-min=10.5 -arch ppc -O2"
  76 $ make && make install  #  sudo is not necessary
  77 $ cd osx-build/lib
  78 $ mv libfftw3.a libfftw3.i386.a
  79 $ lipo -create libfftw3.i386.a ../../osx-ppc-build/lib/libfftw3.a -output libfftw3.a
  80 ranlib libfftw3.a
  81
  82 (v) Build on Xcode
  83
  84 Open xcode-build/Molby.xcodeproj, and build. Note that there are two configurations, Debug and Release. In the "Release" build, the Ruby scripts update_version.rb and Documents/makedoc.rb are executed before compilation; update_version.rb modifies the version strings in the source files (by looking up the file Version), and makedoc.rb creates the HTML docments in the doc directory.
  85
  86 (2) Windows
  87
  88 The Windows binary is built by using tdm-gcc/msys. If you use VC++ or Cygwin, you need to help yourself. I use Windows only occasionally, so there may be errors and misunderstandings in the following descriptions. Feedback is welcome!
  89
  90 (i) MinGW, MSYS, gfortran
  91
  92 Install msys and tdm-gcc. The author uses msys-1.0.11, tdm-gcc-4.7.1-2, and gcc-4.7.1-tdm-1-fortran.tar.lzma.
  93 Read instructions carefully in installing tdm-gcc.
  94 In installing msys-1.0.11, please make sure findutils is installed. Otherwise, find.exe of Windows is invoked from make and cause strange errors.
  95
  96 (ii) wxWidgets
  97
  98 Get wxWidgets-3.0.0 from the wxWidgets official page in sourceforge.net (http://sourceforge.net/projects/wxwindows/files/). Newer versions may work, but they are not tested.
  99
 100 Unpack wxWidgets-3.0.0.tar.gz. Move the resulting directory wxWidgets-3.0.0 to $MOLBY/../.
 101
 102 Build wxWidgets. The commands will be as follows. Take care of the configure options.
 103 $ cd $MOLBY/../wxWidgets-3.0.0
 104 $ mkdir msw-build
 105 $ cd msw-build
 106 $ ../configure --with-msw --with-opengl --disable-shared --with-libjpeg=builtin --with-zlib=builtin --enable-monolithic
 107 $ make
 108 (It will take quite long. You do not need to do "sudo make install".)
 109
 110 (iii) Ruby
 111
 112 Get ruby-2.0.0-p353.tar.gz, unpack it, and move the resulting directory ruby-2.0.0-p353 to $MOLBY/../.
 113 $ cd $MOLBY/../ruby-2.0.0-p353
 114
 115 If you use gcc 4.6 or later, comment out the following line in cygwin/GNUmakefile.in
 116 #  DLLWRAP += -mno-cygwin
 117 (gcc 4.x deprecates the -mno-cygwin option, and from 4.6 it causes 'unrecognized option' error.)
 118
 119 $ ./configure --prefix=$PWD/msw-build --disable-shared --with-ext=date --disable-install-rdoc --with-static-linked-ext
 120 $ make && make install
 121
 122 The msw-build directory contains lib (which contains libmsvcrt-ruby200-static.a and libmsvcrt-rubuy200.a) and include (which contains include files). (There are also bin and share directories, but these are not used for building Molby.)
 123 $ make clean  #  Remove configure files and intermediates; the msw-build directory remains intact
 124
 125 --- Old description (ruby 1.8.7) ---
 126 Get ruby-1.8.7-p160.tar.gz from the Molby source distribution site. Unpack it, and move the resulting directory ruby-1.8.7-p160 to $HOME. Rename it to ruby-1.8.7-static.
 127 $ cd $HOME
 128 $ mv somewhere/ruby-1.8.7-p160.tar.gz ./
 129 $ tar xvzf ruby-1.8.7-p160.tar.gz
 130 $ mv ruby-1.8.7-p160 ruby-1.8.7-static
 131
 132 Patch the Ruby source.
 133 $ cd $HOME/ruby-1.8.7-static
 134 $ patch --backup -p1 < $MOLBY/ruby-1.8.7-p160-tn.patch
 135 ($MOLBY is the location of the Molby source.)
 136
 137 Build Ruby with --disable-shared option.
 138 $ ./configure --disable-shared --disable-thread
 139 $ make
 140
 141 (iv) CLAPACK
 142
 143 Get clapack-3.1.1.1.tar.gz from the CLAPACK official site (http://www.netlib.org/clapack/) and unpack it. (clapack-3.2.1 may cause trouble because it uses symbolic links.)
 144 $ cd $MOLBY/..
 145 $ mv somewhere/clapack-3.1.1.1.tgz ./
 146 $ tar xvzf clapack-3.1.1.1.tgz
 147
 148 Patch the clapack source.
 149 $ patch -p0 <$MOLBY/clapack-3.1.1.1-mingw.patch
 150
 151 Build CLAPACK.
 152 $ cd CLAPACK-3.1.1.1
 153 $ make
 154
 155 In my case, uninit.c caused an error. It turned out that float.h in GCC needed modification. In c:/tdm-gcc-32-471/lib/gcc/mingw32/4.7.1/include/float.h, a line "#include_next <float.h>" was inserted just before the last "#endif".
 156
 157 Modify libf2c.a, so that the 'main' entry does not interfere the main program.
 158 $ cd F2CLIBS
 159 $ cp libf2c.a libf2c_nomain.a
 160 $ ar d libf2c_nomain.a main.o
 161 $ cd ..
 162
 163 Copy the library and header files to CLAPACK-3.1.1.1/lib
 164 $ mkdir lib
 165 $ cp F2CLIBS/libf2c_nomain.a lib
 166 $ cp blasMinGW.a lib/libblasMinGW.a
 167 $ cp lapackMinGW.a lib/liblapackMinGW.a
 168
 169 (v) FFTW
 170
 171 Get fftw-3.3.2.tar.gz and unpack it. Move the resulting directory fftw-3.3.2 to $MOLBY/../. $ ./configure --prefix=$PWD/msw-build --disable-fortran CFLAGS="-O2"
 172 $ make
 173 $ make install  #  sudo is not necessary
 174
 175 (vi) Inno Setup 5
 176
 177 Install Inno Setup 5 (http://www.jrsoftware.org/isinfo.php). This is necessary to create the Molby Installer.
 178
 179 (vii) Build
 180
 181 Now you can start building Molby! Go to the project directory and do make.
 182 $ cd somewhere/Molby/msw-build
 183 $ make
 184 $ make setup  #  To make the installer
 185
 186
 187 2010.1.21.
 188 2010.1.31. Added notice on AmberTools1.3
 189 2010.4.29. Update description for MinGW/MSYS
 190 2011.8.3.  Added notice on static linking of libgfortran for Mac
 191 2012.11.23. Added notice on FFTW
 192
 193 Toshi Nagata