OSDN Git Service

Document: figures in Step Two are updated
authortoshinagata1964 <toshinagata1964@a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c>
Mon, 24 Mar 2014 11:43:44 +0000 (11:43 +0000)
committertoshinagata1964 <toshinagata1964@a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c>
Mon, 24 Mar 2014 11:43:44 +0000 (11:43 +0000)
git-svn-id: svn+ssh://svn.sourceforge.jp/svnroot/molby/trunk@500 a2be9bc6-48de-4e38-9406-05402d4bc13c

35 files changed:
Documents/etc/edit_01.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_02.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_03.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_04.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_05.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_06.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_07.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_08.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_09.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_10.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_11.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_12.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_13.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_14.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_15.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_16.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/edit_17.png [new file with mode: 0644]
Documents/etc/tutorial_08.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_09.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_10.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_11.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_12.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_13.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_14.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_15.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_16.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_17.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_18.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_19.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_20.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_21.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_22.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_23.png [deleted file]
Documents/etc/tutorial_24.png [deleted file]
Documents/src/doc_source.html

diff --git a/Documents/etc/edit_01.png b/Documents/etc/edit_01.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..486c5d1
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_01.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_02.png b/Documents/etc/edit_02.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..57946d2
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_02.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_03.png b/Documents/etc/edit_03.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7f56c71
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_03.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_04.png b/Documents/etc/edit_04.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..b5c0133
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_04.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_05.png b/Documents/etc/edit_05.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d6cfb78
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_05.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_06.png b/Documents/etc/edit_06.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d60d29b
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_06.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_07.png b/Documents/etc/edit_07.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..2be1c64
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_07.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_08.png b/Documents/etc/edit_08.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e3d2d7f
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_08.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_09.png b/Documents/etc/edit_09.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..7a94045
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_09.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_10.png b/Documents/etc/edit_10.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..882a445
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_10.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_11.png b/Documents/etc/edit_11.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..21f1cd5
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_11.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_12.png b/Documents/etc/edit_12.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..029b5ab
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_12.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_13.png b/Documents/etc/edit_13.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..e19eb7a
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_13.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_14.png b/Documents/etc/edit_14.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..6945cbc
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_14.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_15.png b/Documents/etc/edit_15.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..c83ed5d
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_15.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_16.png b/Documents/etc/edit_16.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..397341e
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_16.png differ
diff --git a/Documents/etc/edit_17.png b/Documents/etc/edit_17.png
new file mode 100644 (file)
index 0000000..d8d63dd
Binary files /dev/null and b/Documents/etc/edit_17.png differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_08.png b/Documents/etc/tutorial_08.png
deleted file mode 100644 (file)
index 64a2538..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_08.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_09.png b/Documents/etc/tutorial_09.png
deleted file mode 100644 (file)
index 55ee252..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_09.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_10.png b/Documents/etc/tutorial_10.png
deleted file mode 100644 (file)
index 2c71dc3..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_10.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_11.png b/Documents/etc/tutorial_11.png
deleted file mode 100644 (file)
index 005ab7c..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_11.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_12.png b/Documents/etc/tutorial_12.png
deleted file mode 100644 (file)
index ccc044a..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_12.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_13.png b/Documents/etc/tutorial_13.png
deleted file mode 100644 (file)
index cd30c3d..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_13.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_14.png b/Documents/etc/tutorial_14.png
deleted file mode 100644 (file)
index 0279c66..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_14.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_15.png b/Documents/etc/tutorial_15.png
deleted file mode 100644 (file)
index bd2c3c1..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_15.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_16.png b/Documents/etc/tutorial_16.png
deleted file mode 100644 (file)
index 62ab73a..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_16.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_17.png b/Documents/etc/tutorial_17.png
deleted file mode 100644 (file)
index 28dd65a..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_17.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_18.png b/Documents/etc/tutorial_18.png
deleted file mode 100644 (file)
index 3e39ce8..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_18.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_19.png b/Documents/etc/tutorial_19.png
deleted file mode 100644 (file)
index ef3b085..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_19.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_20.png b/Documents/etc/tutorial_20.png
deleted file mode 100644 (file)
index e2a3723..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_20.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_21.png b/Documents/etc/tutorial_21.png
deleted file mode 100644 (file)
index fdc7b8b..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_21.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_22.png b/Documents/etc/tutorial_22.png
deleted file mode 100644 (file)
index c5713c3..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_22.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_23.png b/Documents/etc/tutorial_23.png
deleted file mode 100644 (file)
index c47bf7a..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_23.png and /dev/null differ
diff --git a/Documents/etc/tutorial_24.png b/Documents/etc/tutorial_24.png
deleted file mode 100644 (file)
index 2aa7a4f..0000000
Binary files a/Documents/etc/tutorial_24.png and /dev/null differ
index bde8941..701765d 100644 (file)
@@ -452,19 +452,19 @@ Suppose you have a benzene molecule now, and want to append a methyl substituent
 <p>
 Press the button "Select", and click on the black area where no atom nor bond is present. The selection becomes canceled.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_08.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_01.png" /></p>
 <p>
 Select one of the hydrogen atoms. There are two ways to do this. You can click on the target atom, or you can drag to select atoms within a rectangular region.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_09.png" /> <img src="../etc/tutorial_10.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_02.png" /> <img src="../etc/edit_03.png" /></p>
 <p>
 Double-click on the hydrogen atom. This time, be sure to hit the selection! Then you will see the dialog "enter formula" as shown below. Type "CH3" in the text box and hit "OK".
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_11.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_04.png" /></p>
 <p>
 Now you get toluene.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_12.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_05.png" /></p>
 <p>
 You want to save the result to a file. Select "Save as..." from the File menu, choose the file format, enter the filename, and hit "Save".
 </p>
@@ -478,15 +478,15 @@ After building a molecule, you may want to move some part of a molecule. Here ar
 <p>
 Select the methyl group of the toluene, if you have not done so yet <span class="note">(Tip: you can add to the current selection by shift-clicking)</span>. Press the left rotation bar (marked "3" in the previous page), and drag up and down. You will see the methyl group rotates to the right and left.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_13.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_06.png" /></p>
 <p>
 The same manipulation can be achieved by selecting one bond and dragging the left rotation bar. In this case, you can also rotate the benzene ring (with the methyl group fixed) by pressing Option (Mac) or Alt (Win) key when dragging.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_14.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_07.png" /></p>
 <p>
 The selected atoms can be dragged to give a translational move. Use this feature with care, because it may result in a chemically unnatural structure.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_15.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_08.png" /></p>
 <h2>3. Adding and Deleting Atoms</h2>
 <p>
 We have already learned one way to add atoms: double-clicking on the selected part of the molecule (or on the black area where nothing is present), and type-in the formula. Actually, this is the most convenient way to add atoms in Molby. However, there are also other ways to add atoms.
@@ -498,31 +498,31 @@ Look at our familiar toluene molecule. Suppose we want to convert it to indane.
 <p>
 Rotate the molecule so that its orientation matches the chemical structure. We will start from C3, add two carbons, and then close the ring.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_16.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_09.png" /></p>
 <p>
 Press the "Erase" button above the black area. Click on the "H3" hydrogen. The hydrogen atom and the bond between C3 and H3 disappear.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_17.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_10.png" /></p>
 <p>
 Press the "Bond" button. Drag from the C3 atom to the right-bottom, and release the mouse button. A new atom and a bond to C3 are created. Drag from the new atom to the right-up, and another atom and bond are created.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_18.png" /> <img src="../etc/tutorial_19.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_11.png" /> <img src="../etc/edit_12.png" /></p>
 <p>
 Press the "Erase" button again, and erase one hydrogen from the methyl group. Press the "Select" button, select the benzene-methylene bond, and rotate the methylene group as appropriate for the five-membered ring, by use of the left rotation bar.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_20.png" /> <img src="../etc/tutorial_21.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_13.png" /> <img src="../etc/edit_14.png" /></p>
 <p>
 Now you can close the ring. Press the "Bond" button, and drag from the methylene carbon. When the mouse cursor comes close enough to the target carbon, the new atom will snap to the target and make a new bond. Then release the mouse button.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_22.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_15.png" /></p>
 <p>
 Finally, you want to add hydrogens to the newly created carbons. Press the "Select" button, and select these two carbons. Go to the "Edit" menu, and select the "Add Hydrogen" -&gt; "Tetrahedral sp3" menu command.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_23.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_16.png" /></p>
 <p>
 Here is the result.
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_24.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_17.png" /></p>
 <p class="note">
 A similar result can be achieved by selecting the hydrogen ortho to the methyl group, double-click it, type "CH2CH3" in, erase one hydrogen atom from each of the methyl groups, and make a bond. This is better because the newly created methylenes have reasonable bond lengths and angles as methylene groups. The above example is just for explanation of the editing features.
 </p>
@@ -536,19 +536,19 @@ A similar result can be achieved by selecting the hydrogen ortho to the methyl g
 <p>
 "Select"ボタンを押して、編集エリアの原子や結合がないところをクリックします。選択が解除され、分子の表示が赤から原子ごとの色に変わります。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_08.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_01.png" /></p>
 <p>
 水素原子の一つを選択します。やり方は二つあります。選択したい原子をクリックするか、またはドラッグで現れる四角い領域の中の原子を選択します。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_09.png" /> <img src="../etc/tutorial_10.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_02.png" /> <img src="../etc/edit_03.png" /></p>
 <p>
 水素原子の上でダブルクリックします。このとき、選択部分の上でダブルクリックするように注意してください。"Enter formula"というダイアログが出てきます。"CH3"と入力し、"OK"を押します。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_11.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_04.png" /></p>
 <p>
 トルエンができました。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_12.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_05.png" /></p>
 <p>
 ファイルに保存しておきたい時は、通常通り File メニューから "Save as..." を選び、ファイルフォーマットを選び、ファイル名をタイプして "Save" を押します。
 </p>
@@ -563,15 +563,15 @@ Molby の標準ファイルフォーマットは "mbsf" (<u>M</u>ol<u>b</u>y <u>
 <p>
 トルエンのメチル基を選択します<span class="note">(コツ:シフトキーを押しながらクリックすると、現在の選択範囲に原子を付け加えることができます)</span>。左の回転バー(前ページで③と書かれていたもの)でマウスボタンを押し、上下にドラッグしてください。メチル基が右左に回転するのがわかります。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_13.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_06.png" /></p>
 <p>
 同じ操作は、結合を1つ選択して左の回転バーをドラッグしてもできます。この場合、メチル基を固定してベンゼン環の方を回すこともできます。ドラッグの時にOptionキー(Mac)、Altキー(Win)を押してください。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_14.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_07.png" /></p>
 <p>
 選択した原子をドラッグすると平行移動できます。化学的に不自然な構造になりますので、注意が必要です。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_15.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_08.png" /></p>
 <h2>3. 原子を追加する・削除する</h2>
 <p>
 原子を追加する方法はすでに一つ説明しました。選択部分または編集エリアの何もないところをダブルクリックして、構造式をタイプする方法です。実際、Molbyで原子を追加するにはこれが最も便利です。しかし、他の方法もありますので、それを紹介します。
@@ -583,31 +583,31 @@ Molby の標準ファイルフォーマットは "mbsf" (<u>M</u>ol<u>b</u>y <u>
 <p>
 分子を回転させて、化学構造式と同じ向きになるようにします。C3から始めて、炭素原子を2つ追加し、環を閉じることにします。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_16.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_09.png" /></p>
 <p>
 編集エリアの上の"Erase"ボタンを押します。"H3"水素をクリックします。この水素原子と、C3-H3の結合が消えます。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_17.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_10.png" /></p>
 <p>
 "Bond"ボタンを押します。C3原子から右下にドラッグし、マウスボタンを離します。新しい原子と、その原子とC3の間の結合が新しく作られます。新しい原子から右上にドラッグすると、もう一つの原子と結合が作られます。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_18.png" /> <img src="../etc/tutorial_19.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_11.png" /> <img src="../etc/edit_12.png" /></p>
 <p>
 "Erase"ボタンをもう一度押して、メチル基の原子を一つ消します。"Select"ボタンを押して、ベンゼン環とメチレン炭素(今水素原子を一つ消したところ)の間の結合を選択します。左の回転バーを使って、五員環に適切な向きになるようにメチレン基を回転させます。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_20.png" /> <img src="../etc/tutorial_21.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_13.png" /> <img src="../etc/edit_14.png" /></p>
 <p>
 環を閉じます。"Bond"ボタンを押し、メチレン炭素原子から右下の炭素原子へドラッグします。マウスカーソルが目標の炭素原子に近づくと、ドラッグしてできた結合が炭素原子にくっつきます。ここでマウスボタンを離します。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_22.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_15.png" /></p>
 <p>
 最後に、新しく作った二つの炭素原子に水素原子を付加します。"Select"ボタンを押して、マウスを使って二つの炭素原子を選択します。"Edit"メニューから、"Add Hydrogen"-&gt;"Tetrahedral sp3"コマンドを実行します。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_23.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_16.png" /></p>
 <p>
 結果はこのようになります。
 </p>
-<p><img src="../etc/tutorial_24.png" /></p>
+<p><img src="../etc/edit_17.png" /></p>
 <p class="note">
 トルエンからインダンは次のような操作でも作ることができます。メチル基のオルト位の水素原子を選択、ダブルクリック、ダイアログが出たら"CH2CH3"と入力、二つのメチル基からそれぞれ水素原子を一つ削除、結合回転で向きを調整、結合を作成。この方法の方が、新しく作ったメチレン基の結合距離・結合角が正しくなるため、よりよい結果になります。上の例は、編集操作の説明のためのものと考えてください。
 </p>