src/test/java/org/xerial/silk/schema/SilkSchemaTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // SilkSchemaTest.java\r
  20 // Since: Jul 3, 2009 3:31:38 PM\r
  21 //\r
  22 // $URL$\r
  23 // $Author$\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.silk.schema;\r
  26 \r
  27 import static org.junit.Assert.*;\r
  28 \r
  29 import org.junit.After;\r
  30 import org.junit.Before;\r
  31 import org.junit.Test;\r
  32 import org.xerial.lens.Lens;\r
  33 import org.xerial.util.FileResource;\r
  34 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  35 \r
  36 public class SilkSchemaTest {\r
  37 \r
  38     private static Logger _logger = Logger.getLogger(SilkSchemaTest.class);\r
  39 \r
  40     @Before\r
  41     public void setUp() throws Exception {}\r
  42 \r
  43     @After\r
  44     public void tearDown() throws Exception {}\r
  45 \r
  46     @Test\r
  47     public void parse() throws Exception {\r
  48         SilkSchema schema = SilkSchema\r
  49                 .parse(FileResource.open(SilkSchemaTest.class, "schema.silk"));\r
  50 \r
  51         // confirm module\r
  52         assertNotNull(schema.module);\r
  53         assertEquals(1, schema.module.size());\r
  54         SilkModule m = schema.module.get(0);\r
  55         assertEquals("org.utgenome", m.name);\r
  56 \r
  57         // confirm classes\r
  58 \r
  59         assertNotNull(m.classDef);\r
  60         assertEquals(7, m.classDef.size());\r
  61         for (SilkClass c : m.classDef) {\r
  62             if (c.name.equals("Coordinate")) {\r
  63 \r
  64             }\r
  65             else if (c.name.equals("Locus")) {\r
  66 \r
  67             }\r
  68             else if (c.name.equals("Gene")) {\r
  69 \r
  70             }\r
  71             else if (c.name.equals("Exon")) {\r
  72 \r
  73             }\r
  74             else if (c.name.equals("CDS")) {\r
  75 \r
  76             }\r
  77             else if (c.name.equals("Reference")) {\r
  78 \r
  79             }\r
  80             else if (c.name.equals("Read")) {\r
  81 \r
  82             }\r
  83 \r
  84         }\r
  85 \r
  86         // confirm relation\r
  87         //        assertNotNull(schema.relation);\r
  88         //        assertEquals(1, schema.relation.size());\r
  89         //        SilkRelation r = schema.relation.get(0);\r
  90         //        assertEquals("Alignment", r.name);\r
  91         //        assertEquals(2, r.attribute.size());\r
  92 \r
  93         _logger.info(Lens.toJSON(schema));\r
  94 \r
  95         //_logger.info(schema.toGraphviz());\r
  96 \r
  97     }\r
  98 \r
  99 }\r