vendor/google.golang.org/genproto/googleapis/genomics/v1/cigar.pb.go

   1 // Code generated by protoc-gen-go. DO NOT EDIT.
   2 // source: google/genomics/v1/cigar.proto
   3
   4 package genomics
   5
   6 import proto "github.com/golang/protobuf/proto"
   7 import fmt "fmt"
   8 import math "math"
   9 import _ "google.golang.org/genproto/googleapis/api/annotations"
  10
  11 // Reference imports to suppress errors if they are not otherwise used.
  12 var _ = proto.Marshal
  13 var _ = fmt.Errorf
  14 var _ = math.Inf
  15
  16 // Describes the different types of CIGAR alignment operations that exist.
  17 // Used wherever CIGAR alignments are used.
  18 type CigarUnit_Operation int32
  19
  20 const (
  21         CigarUnit_OPERATION_UNSPECIFIED CigarUnit_Operation = 0
  22         // An alignment match indicates that a sequence can be aligned to the
  23         // reference without evidence of an INDEL. Unlike the
  24         // `SEQUENCE_MATCH` and `SEQUENCE_MISMATCH` operators,
  25         // the `ALIGNMENT_MATCH` operator does not indicate whether the
  26         // reference and read sequences are an exact match. This operator is
  27         // equivalent to SAM's `M`.
  28         CigarUnit_ALIGNMENT_MATCH CigarUnit_Operation = 1
  29         // The insert operator indicates that the read contains evidence of bases
  30         // being inserted into the reference. This operator is equivalent to SAM's
  31         // `I`.
  32         CigarUnit_INSERT CigarUnit_Operation = 2
  33         // The delete operator indicates that the read contains evidence of bases
  34         // being deleted from the reference. This operator is equivalent to SAM's
  35         // `D`.
  36         CigarUnit_DELETE CigarUnit_Operation = 3
  37         // The skip operator indicates that this read skips a long segment of the
  38         // reference, but the bases have not been deleted. This operator is commonly
  39         // used when working with RNA-seq data, where reads may skip long segments
  40         // of the reference between exons. This operator is equivalent to SAM's
  41         // `N`.
  42         CigarUnit_SKIP CigarUnit_Operation = 4
  43         // The soft clip operator indicates that bases at the start/end of a read
  44         // have not been considered during alignment. This may occur if the majority
  45         // of a read maps, except for low quality bases at the start/end of a read.
  46         // This operator is equivalent to SAM's `S`. Bases that are soft
  47         // clipped will still be stored in the read.
  48         CigarUnit_CLIP_SOFT CigarUnit_Operation = 5
  49         // The hard clip operator indicates that bases at the start/end of a read
  50         // have been omitted from this alignment. This may occur if this linear
  51         // alignment is part of a chimeric alignment, or if the read has been
  52         // trimmed (for example, during error correction or to trim poly-A tails for
  53         // RNA-seq). This operator is equivalent to SAM's `H`.
  54         CigarUnit_CLIP_HARD CigarUnit_Operation = 6
  55         // The pad operator indicates that there is padding in an alignment. This
  56         // operator is equivalent to SAM's `P`.
  57         CigarUnit_PAD CigarUnit_Operation = 7
  58         // This operator indicates that this portion of the aligned sequence exactly
  59         // matches the reference. This operator is equivalent to SAM's `=`.
  60         CigarUnit_SEQUENCE_MATCH CigarUnit_Operation = 8
  61         // This operator indicates that this portion of the aligned sequence is an
  62         // alignment match to the reference, but a sequence mismatch. This can
  63         // indicate a SNP or a read error. This operator is equivalent to SAM's
  64         // `X`.
  65         CigarUnit_SEQUENCE_MISMATCH CigarUnit_Operation = 9
  66 )
  67
  68 var CigarUnit_Operation_name = map[int32]string{
  69         0: "OPERATION_UNSPECIFIED",
  70         1: "ALIGNMENT_MATCH",
  71         2: "INSERT",
  72         3: "DELETE",
  73         4: "SKIP",
  74         5: "CLIP_SOFT",
  75         6: "CLIP_HARD",
  76         7: "PAD",
  77         8: "SEQUENCE_MATCH",
  78         9: "SEQUENCE_MISMATCH",
  79 }
  80 var CigarUnit_Operation_value = map[string]int32{
  81         "OPERATION_UNSPECIFIED": 0,
  82         "ALIGNMENT_MATCH":       1,
  83         "INSERT":                2,
  84         "DELETE":                3,
  85         "SKIP":                  4,
  86         "CLIP_SOFT":             5,
  87         "CLIP_HARD":             6,
  88         "PAD":                   7,
  89         "SEQUENCE_MATCH":        8,
  90         "SEQUENCE_MISMATCH":     9,
  91 }
  92
  93 func (x CigarUnit_Operation) String() string {
  94         return proto.EnumName(CigarUnit_Operation_name, int32(x))
  95 }
  96 func (CigarUnit_Operation) EnumDescriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor1, []int{0, 0} }
  97
  98 // A single CIGAR operation.
  99 type CigarUnit struct {
 100         Operation CigarUnit_Operation `protobuf:"varint,1,opt,name=operation,enum=google.genomics.v1.CigarUnit_Operation" json:"operation,omitempty"`
 101         // The number of genomic bases that the operation runs for. Required.
 102         OperationLength int64 `protobuf:"varint,2,opt,name=operation_length,json=operationLength" json:"operation_length,omitempty"`
 103         // `referenceSequence` is only used at mismatches
 104         // (`SEQUENCE_MISMATCH`) and deletions (`DELETE`).
 105         // Filling this field replaces SAM's MD tag. If the relevant information is
 106         // not available, this field is unset.
 107         ReferenceSequence string `protobuf:"bytes,3,opt,name=reference_sequence,json=referenceSequence" json:"reference_sequence,omitempty"`
 108 }
 109
 110 func (m *CigarUnit) Reset()                    { *m = CigarUnit{} }
 111 func (m *CigarUnit) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
 112 func (*CigarUnit) ProtoMessage()               {}
 113 func (*CigarUnit) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor1, []int{0} }
 114
 115 func (m *CigarUnit) GetOperation() CigarUnit_Operation {
 116         if m != nil {
 117                 return m.Operation
 118         }
 119         return CigarUnit_OPERATION_UNSPECIFIED
 120 }
 121
 122 func (m *CigarUnit) GetOperationLength() int64 {
 123         if m != nil {
 124                 return m.OperationLength
 125         }
 126         return 0
 127 }
 128
 129 func (m *CigarUnit) GetReferenceSequence() string {
 130         if m != nil {
 131                 return m.ReferenceSequence
 132         }
 133         return ""
 134 }
 135
 136 func init() {
 137         proto.RegisterType((*CigarUnit)(nil), "google.genomics.v1.CigarUnit")
 138         proto.RegisterEnum("google.genomics.v1.CigarUnit_Operation", CigarUnit_Operation_name, CigarUnit_Operation_value)
 139 }
 140
 141 func init() { proto.RegisterFile("google/genomics/v1/cigar.proto", fileDescriptor1) }
 142
 143 var fileDescriptor1 = []byte{
 144         // 367 bytes of a gzipped FileDescriptorProto
 145         0x1f, 0x8b, 0x08, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x02, 0xff, 0x6c, 0x51, 0xcf, 0x0e, 0x93, 0x30,
 146         0x1c, 0xb6, 0x63, 0x6e, 0xe3, 0x97, 0xb8, 0x75, 0x35, 0x33, 0xd3, 0x18, 0xb3, 0xec, 0xe2, 0x3c,
 147         0x08, 0x99, 0xde, 0xf4, 0xc4, 0xa0, 0x73, 0x8d, 0x0c, 0x10, 0xd8, 0xc5, 0x0b, 0x41, 0x52, 0x91,
 148         0x64, 0x6b, 0x11, 0x70, 0xaf, 0xe5, 0x1b, 0xf9, 0x1c, 0x1e, 0x0d, 0x30, 0x98, 0x89, 0xde, 0xbe,
 149         0x7e, 0xff, 0x9a, 0xfc, 0x3e, 0x78, 0x91, 0x4a, 0x99, 0x9e, 0xb9, 0x9e, 0x72, 0x21, 0x2f, 0x59,
 150         0x52, 0xea, 0xd7, 0xad, 0x9e, 0x64, 0x69, 0x5c, 0x68, 0x79, 0x21, 0x2b, 0x49, 0x48, 0xab, 0x6b,
 151         0x9d, 0xae, 0x5d, 0xb7, 0xcf, 0x9e, 0xdf, 0x32, 0x71, 0x9e, 0xe9, 0xb1, 0x10, 0xb2, 0x8a, 0xab,
 152         0x4c, 0x8a, 0xb2, 0x4d, 0xac, 0x7f, 0x0d, 0x40, 0x35, 0xeb, 0x86, 0x93, 0xc8, 0x2a, 0x42, 0x41,
 153         0x95, 0x39, 0x2f, 0x1a, 0xc7, 0x12, 0xad, 0xd0, 0x66, 0xfa, 0xe6, 0xa5, 0xf6, 0x6f, 0xa7, 0xd6,
 154         0x27, 0x34, 0xb7, 0xb3, 0xfb, 0xf7, 0x24, 0x79, 0x05, 0xb8, 0x7f, 0x44, 0x67, 0x2e, 0xd2, 0xea,
 155         0xdb, 0x72, 0xb0, 0x42, 0x1b, 0xc5, 0x9f, 0xf5, 0xbc, 0xdd, 0xd0, 0xe4, 0x35, 0x90, 0x82, 0x7f,
 156         0xe5, 0x05, 0x17, 0x09, 0x8f, 0x4a, 0xfe, 0xfd, 0x47, 0x0d, 0x96, 0xca, 0x0a, 0x6d, 0x54, 0x7f,
 157         0xde, 0x2b, 0xc1, 0x4d, 0x58, 0xff, 0x44, 0xa0, 0xf6, 0x5f, 0x92, 0xa7, 0xb0, 0x70, 0x3d, 0xea,
 158         0x1b, 0x21, 0x73, 0x9d, 0xe8, 0xe4, 0x04, 0x1e, 0x35, 0xd9, 0x9e, 0x51, 0x0b, 0x3f, 0x20, 0x8f,
 159         0x61, 0x66, 0xd8, 0xec, 0x83, 0x73, 0xa4, 0x4e, 0x18, 0x1d, 0x8d, 0xd0, 0x3c, 0x60, 0x44, 0x00,
 160         0x46, 0xcc, 0x09, 0xa8, 0x1f, 0xe2, 0x41, 0x8d, 0x2d, 0x6a, 0xd3, 0x90, 0x62, 0x85, 0x4c, 0x60,
 161         0x18, 0x7c, 0x64, 0x1e, 0x1e, 0x92, 0x47, 0xa0, 0x9a, 0x36, 0xf3, 0xa2, 0xc0, 0xdd, 0x87, 0xf8,
 162         0x61, 0xff, 0x3c, 0x18, 0xbe, 0x85, 0x47, 0x64, 0x0c, 0x8a, 0x67, 0x58, 0x78, 0x4c, 0x08, 0x4c,
 163         0x03, 0xfa, 0xe9, 0x44, 0x1d, 0x93, 0xde, 0xca, 0x27, 0x64, 0x01, 0xf3, 0x3b, 0xc7, 0x82, 0x96,
 164         0x56, 0x77, 0x1c, 0x9e, 0x24, 0xf2, 0xf2, 0x9f, 0x23, 0xee, 0xa0, 0xb9, 0xa2, 0x57, 0xcf, 0xe0,
 165         0xa1, 0xcf, 0xef, 0x3a, 0x87, 0x3c, 0xc7, 0x22, 0xd5, 0x64, 0x91, 0xd6, 0x2b, 0x37, 0x23, 0xe9,
 166         0xad, 0x14, 0xe7, 0x59, 0xf9, 0xf7, 0xf2, 0xef, 0x3b, 0xfc, 0x1b, 0xa1, 0x2f, 0xa3, 0xc6, 0xf9,
 167         0xf6, 0x4f, 0x00, 0x00, 0x00, 0xff, 0xff, 0x98, 0xcc, 0xce, 0xde, 0x22, 0x02, 0x00, 0x00,
 168 }