vendor/google.golang.org/genproto/googleapis/genomics/v1/readgroup.pb.go

   1 // Code generated by protoc-gen-go. DO NOT EDIT.
   2 // source: google/genomics/v1/readgroup.proto
   3
   4 package genomics
   5
   6 import proto "github.com/golang/protobuf/proto"
   7 import fmt "fmt"
   8 import math "math"
   9 import _ "google.golang.org/genproto/googleapis/api/annotations"
  10 import google_protobuf3 "github.com/golang/protobuf/ptypes/struct"
  11
  12 // Reference imports to suppress errors if they are not otherwise used.
  13 var _ = proto.Marshal
  14 var _ = fmt.Errorf
  15 var _ = math.Inf
  16
  17 // A read group is all the data that's processed the same way by the sequencer.
  18 type ReadGroup struct {
  19         // The server-generated read group ID, unique for all read groups.
  20         // Note: This is different than the @RG ID field in the SAM spec. For that
  21         // value, see [name][google.genomics.v1.ReadGroup.name].
  22         Id string `protobuf:"bytes,1,opt,name=id" json:"id,omitempty"`
  23         // The dataset to which this read group belongs.
  24         DatasetId string `protobuf:"bytes,2,opt,name=dataset_id,json=datasetId" json:"dataset_id,omitempty"`
  25         // The read group name. This corresponds to the @RG ID field in the SAM spec.
  26         Name string `protobuf:"bytes,3,opt,name=name" json:"name,omitempty"`
  27         // A free-form text description of this read group.
  28         Description string `protobuf:"bytes,4,opt,name=description" json:"description,omitempty"`
  29         // A client-supplied sample identifier for the reads in this read group.
  30         SampleId string `protobuf:"bytes,5,opt,name=sample_id,json=sampleId" json:"sample_id,omitempty"`
  31         // The experiment used to generate this read group.
  32         Experiment *ReadGroup_Experiment `protobuf:"bytes,6,opt,name=experiment" json:"experiment,omitempty"`
  33         // The predicted insert size of this read group. The insert size is the length
  34         // the sequenced DNA fragment from end-to-end, not including the adapters.
  35         PredictedInsertSize int32 `protobuf:"varint,7,opt,name=predicted_insert_size,json=predictedInsertSize" json:"predicted_insert_size,omitempty"`
  36         // The programs used to generate this read group. Programs are always
  37         // identical for all read groups within a read group set. For this reason,
  38         // only the first read group in a returned set will have this field
  39         // populated.
  40         Programs []*ReadGroup_Program `protobuf:"bytes,10,rep,name=programs" json:"programs,omitempty"`
  41         // The reference set the reads in this read group are aligned to.
  42         ReferenceSetId string `protobuf:"bytes,11,opt,name=reference_set_id,json=referenceSetId" json:"reference_set_id,omitempty"`
  43         // A map of additional read group information. This must be of the form
  44         // map<string, string[]> (string key mapping to a list of string values).
  45         Info map[string]*google_protobuf3.ListValue `protobuf:"bytes,12,rep,name=info" json:"info,omitempty" protobuf_key:"bytes,1,opt,name=key" protobuf_val:"bytes,2,opt,name=value"`
  46 }
  47
  48 func (m *ReadGroup) Reset()                    { *m = ReadGroup{} }
  49 func (m *ReadGroup) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
  50 func (*ReadGroup) ProtoMessage()               {}
  51 func (*ReadGroup) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor7, []int{0} }
  52
  53 func (m *ReadGroup) GetId() string {
  54         if m != nil {
  55                 return m.Id
  56         }
  57         return ""
  58 }
  59
  60 func (m *ReadGroup) GetDatasetId() string {
  61         if m != nil {
  62                 return m.DatasetId
  63         }
  64         return ""
  65 }
  66
  67 func (m *ReadGroup) GetName() string {
  68         if m != nil {
  69                 return m.Name
  70         }
  71         return ""
  72 }
  73
  74 func (m *ReadGroup) GetDescription() string {
  75         if m != nil {
  76                 return m.Description
  77         }
  78         return ""
  79 }
  80
  81 func (m *ReadGroup) GetSampleId() string {
  82         if m != nil {
  83                 return m.SampleId
  84         }
  85         return ""
  86 }
  87
  88 func (m *ReadGroup) GetExperiment() *ReadGroup_Experiment {
  89         if m != nil {
  90                 return m.Experiment
  91         }
  92         return nil
  93 }
  94
  95 func (m *ReadGroup) GetPredictedInsertSize() int32 {
  96         if m != nil {
  97                 return m.PredictedInsertSize
  98         }
  99         return 0
 100 }
 101
 102 func (m *ReadGroup) GetPrograms() []*ReadGroup_Program {
 103         if m != nil {
 104                 return m.Programs
 105         }
 106         return nil
 107 }
 108
 109 func (m *ReadGroup) GetReferenceSetId() string {
 110         if m != nil {
 111                 return m.ReferenceSetId
 112         }
 113         return ""
 114 }
 115
 116 func (m *ReadGroup) GetInfo() map[string]*google_protobuf3.ListValue {
 117         if m != nil {
 118                 return m.Info
 119         }
 120         return nil
 121 }
 122
 123 type ReadGroup_Experiment struct {
 124         // A client-supplied library identifier; a library is a collection of DNA
 125         // fragments which have been prepared for sequencing from a sample. This
 126         // field is important for quality control as error or bias can be introduced
 127         // during sample preparation.
 128         LibraryId string `protobuf:"bytes,1,opt,name=library_id,json=libraryId" json:"library_id,omitempty"`
 129         // The platform unit used as part of this experiment, for example
 130         // flowcell-barcode.lane for Illumina or slide for SOLiD. Corresponds to the
 131         // @RG PU field in the SAM spec.
 132         PlatformUnit string `protobuf:"bytes,2,opt,name=platform_unit,json=platformUnit" json:"platform_unit,omitempty"`
 133         // The sequencing center used as part of this experiment.
 134         SequencingCenter string `protobuf:"bytes,3,opt,name=sequencing_center,json=sequencingCenter" json:"sequencing_center,omitempty"`
 135         // The instrument model used as part of this experiment. This maps to
 136         // sequencing technology in the SAM spec.
 137         InstrumentModel string `protobuf:"bytes,4,opt,name=instrument_model,json=instrumentModel" json:"instrument_model,omitempty"`
 138 }
 139
 140 func (m *ReadGroup_Experiment) Reset()                    { *m = ReadGroup_Experiment{} }
 141 func (m *ReadGroup_Experiment) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
 142 func (*ReadGroup_Experiment) ProtoMessage()               {}
 143 func (*ReadGroup_Experiment) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor7, []int{0, 0} }
 144
 145 func (m *ReadGroup_Experiment) GetLibraryId() string {
 146         if m != nil {
 147                 return m.LibraryId
 148         }
 149         return ""
 150 }
 151
 152 func (m *ReadGroup_Experiment) GetPlatformUnit() string {
 153         if m != nil {
 154                 return m.PlatformUnit
 155         }
 156         return ""
 157 }
 158
 159 func (m *ReadGroup_Experiment) GetSequencingCenter() string {
 160         if m != nil {
 161                 return m.SequencingCenter
 162         }
 163         return ""
 164 }
 165
 166 func (m *ReadGroup_Experiment) GetInstrumentModel() string {
 167         if m != nil {
 168                 return m.InstrumentModel
 169         }
 170         return ""
 171 }
 172
 173 type ReadGroup_Program struct {
 174         // The command line used to run this program.
 175         CommandLine string `protobuf:"bytes,1,opt,name=command_line,json=commandLine" json:"command_line,omitempty"`
 176         // The user specified locally unique ID of the program. Used along with
 177         // `prevProgramId` to define an ordering between programs.
 178         Id string `protobuf:"bytes,2,opt,name=id" json:"id,omitempty"`
 179         // The display name of the program. This is typically the colloquial name of
 180         // the tool used, for example 'bwa' or 'picard'.
 181         Name string `protobuf:"bytes,3,opt,name=name" json:"name,omitempty"`
 182         // The ID of the program run before this one.
 183         PrevProgramId string `protobuf:"bytes,4,opt,name=prev_program_id,json=prevProgramId" json:"prev_program_id,omitempty"`
 184         // The version of the program run.
 185         Version string `protobuf:"bytes,5,opt,name=version" json:"version,omitempty"`
 186 }
 187
 188 func (m *ReadGroup_Program) Reset()                    { *m = ReadGroup_Program{} }
 189 func (m *ReadGroup_Program) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
 190 func (*ReadGroup_Program) ProtoMessage()               {}
 191 func (*ReadGroup_Program) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor7, []int{0, 1} }
 192
 193 func (m *ReadGroup_Program) GetCommandLine() string {
 194         if m != nil {
 195                 return m.CommandLine
 196         }
 197         return ""
 198 }
 199
 200 func (m *ReadGroup_Program) GetId() string {
 201         if m != nil {
 202                 return m.Id
 203         }
 204         return ""
 205 }
 206
 207 func (m *ReadGroup_Program) GetName() string {
 208         if m != nil {
 209                 return m.Name
 210         }
 211         return ""
 212 }
 213
 214 func (m *ReadGroup_Program) GetPrevProgramId() string {
 215         if m != nil {
 216                 return m.PrevProgramId
 217         }
 218         return ""
 219 }
 220
 221 func (m *ReadGroup_Program) GetVersion() string {
 222         if m != nil {
 223                 return m.Version
 224         }
 225         return ""
 226 }
 227
 228 func init() {
 229         proto.RegisterType((*ReadGroup)(nil), "google.genomics.v1.ReadGroup")
 230         proto.RegisterType((*ReadGroup_Experiment)(nil), "google.genomics.v1.ReadGroup.Experiment")
 231         proto.RegisterType((*ReadGroup_Program)(nil), "google.genomics.v1.ReadGroup.Program")
 232 }
 233
 234 func init() { proto.RegisterFile("google/genomics/v1/readgroup.proto", fileDescriptor7) }
 235
 236 var fileDescriptor7 = []byte{
 237         // 585 bytes of a gzipped FileDescriptorProto
 238         0x1f, 0x8b, 0x08, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x02, 0xff, 0x7c, 0x54, 0xcb, 0x6e, 0xd4, 0x30,
 239         0x14, 0x55, 0xa6, 0xcf, 0xb9, 0xd3, 0xc7, 0x60, 0x04, 0x8a, 0x06, 0x90, 0x86, 0x22, 0x60, 0x10,
 240         0x52, 0x42, 0x87, 0x0d, 0x6a, 0x57, 0x14, 0x55, 0x10, 0xa9, 0x48, 0x55, 0x2a, 0x58, 0xb0, 0x89,
 241         0xdc, 0xf8, 0x4e, 0x64, 0x91, 0xd8, 0xc1, 0x76, 0x46, 0xb4, 0x9f, 0xc1, 0x57, 0xf0, 0x2d, 0x7c,
 242         0x11, 0x4b, 0x64, 0xc7, 0x49, 0x47, 0xa2, 0xea, 0xce, 0x39, 0xe7, 0x5c, 0xdf, 0xc7, 0xb9, 0x0e,
 243         0x1c, 0x14, 0x52, 0x16, 0x25, 0xc6, 0x05, 0x0a, 0x59, 0xf1, 0x5c, 0xc7, 0xcb, 0xc3, 0x58, 0x21,
 244         0x65, 0x85, 0x92, 0x4d, 0x1d, 0xd5, 0x4a, 0x1a, 0x49, 0x48, 0xab, 0x89, 0x3a, 0x4d, 0xb4, 0x3c,
 245         0x9c, 0x3c, 0xf6, 0x71, 0xb4, 0xe6, 0x31, 0x15, 0x42, 0x1a, 0x6a, 0xb8, 0x14, 0xba, 0x8d, 0xe8,
 246         0x59, 0xf7, 0x75, 0xd9, 0x2c, 0x62, 0x6d, 0x54, 0x93, 0x9b, 0x96, 0x3d, 0xf8, 0xb3, 0x09, 0xc3,
 247         0x14, 0x29, 0xfb, 0x68, 0x73, 0x90, 0x3d, 0x18, 0x70, 0x16, 0x06, 0xd3, 0x60, 0x36, 0x4c, 0x07,
 248         0x9c, 0x91, 0x27, 0x00, 0x8c, 0x1a, 0xaa, 0xd1, 0x64, 0x9c, 0x85, 0x03, 0x87, 0x0f, 0x3d, 0x92,
 249         0x30, 0x42, 0x60, 0x5d, 0xd0, 0x0a, 0xc3, 0x35, 0x47, 0xb8, 0x33, 0x99, 0xc2, 0x88, 0xa1, 0xce,
 250         0x15, 0xaf, 0x6d, 0x11, 0xe1, 0xba, 0xa3, 0x56, 0x21, 0xf2, 0x08, 0x86, 0x9a, 0x56, 0x75, 0x89,
 251         0xf6, 0xce, 0x0d, 0xc7, 0x6f, 0xb7, 0x40, 0xc2, 0xc8, 0x27, 0x00, 0xfc, 0x59, 0xa3, 0xe2, 0x15,
 252         0x0a, 0x13, 0x6e, 0x4e, 0x83, 0xd9, 0x68, 0x3e, 0x8b, 0xfe, 0x6f, 0x3a, 0xea, 0x8b, 0x8e, 0x4e,
 253         0x7b, 0x7d, 0xba, 0x12, 0x4b, 0xe6, 0xf0, 0xa0, 0x56, 0xc8, 0x78, 0x6e, 0x90, 0x65, 0x5c, 0x68,
 254         0x54, 0x26, 0xd3, 0xfc, 0x1a, 0xc3, 0xad, 0x69, 0x30, 0xdb, 0x48, 0xef, 0xf7, 0x64, 0xe2, 0xb8,
 255         0x0b, 0x7e, 0x8d, 0xe4, 0x3d, 0x6c, 0xd7, 0x4a, 0x16, 0x8a, 0x56, 0x3a, 0x84, 0xe9, 0xda, 0x6c,
 256         0x34, 0x7f, 0x7e, 0x77, 0xee, 0xf3, 0x56, 0x9d, 0xf6, 0x61, 0x64, 0x06, 0x63, 0x85, 0x0b, 0x54,
 257         0x28, 0x72, 0xcc, 0xfc, 0xe0, 0x46, 0xae, 0xc9, 0xbd, 0x1e, 0xbf, 0x70, 0xd3, 0x3b, 0x86, 0x75,
 258         0x2e, 0x16, 0x32, 0xdc, 0x71, 0x89, 0x5e, 0xde, 0x9d, 0x28, 0x11, 0x0b, 0x79, 0x2a, 0x8c, 0xba,
 259         0x4a, 0x5d, 0xd0, 0xe4, 0x77, 0x00, 0x70, 0xd3, 0xb8, 0x35, 0xaa, 0xe4, 0x97, 0x8a, 0xaa, 0xab,
 260         0xac, 0x37, 0x70, 0xe8, 0x91, 0x84, 0x91, 0x67, 0xb0, 0x5b, 0x97, 0xd4, 0x2c, 0xa4, 0xaa, 0xb2,
 261         0x46, 0x70, 0xe3, 0xad, 0xdc, 0xe9, 0xc0, 0x2f, 0x82, 0x1b, 0xf2, 0x1a, 0xee, 0x69, 0xfc, 0xd1,
 262         0xa0, 0xc8, 0xb9, 0x28, 0xb2, 0x1c, 0x85, 0x41, 0xe5, 0xad, 0x1d, 0xdf, 0x10, 0x1f, 0x1c, 0x4e,
 263         0x5e, 0xc1, 0x98, 0x0b, 0xbb, 0x49, 0x36, 0x7d, 0x56, 0x49, 0x86, 0xa5, 0xf7, 0x7a, 0xff, 0x06,
 264         0xff, 0x6c, 0xe1, 0xc9, 0xaf, 0x00, 0xb6, 0xfc, 0x9c, 0xc8, 0x53, 0xd8, 0xc9, 0x65, 0x55, 0x51,
 265         0xc1, 0xb2, 0x92, 0x0b, 0xf4, 0x95, 0x8e, 0x3c, 0x76, 0xc6, 0x05, 0xfa, 0x1d, 0x1c, 0xf4, 0x3b,
 266         0x78, 0xdb, 0x92, 0xbd, 0x80, 0xfd, 0x5a, 0xe1, 0x32, 0xf3, 0x53, 0xb7, 0x3d, 0xb7, 0xc9, 0x77,
 267         0x2d, 0xec, 0x93, 0x25, 0x8c, 0x84, 0xb0, 0xb5, 0x44, 0xa5, 0xed, 0x22, 0xb6, 0x8b, 0xd6, 0x7d,
 268         0x4e, 0x2e, 0x60, 0xd8, 0x8f, 0x94, 0x8c, 0x61, 0xed, 0x3b, 0x5e, 0xf9, 0x62, 0xec, 0x91, 0xbc,
 269         0x81, 0x8d, 0x25, 0x2d, 0x1b, 0x74, 0x75, 0x8c, 0xe6, 0x93, 0xce, 0x9c, 0xee, 0x11, 0x45, 0x67,
 270         0x5c, 0x9b, 0xaf, 0x56, 0x91, 0xb6, 0xc2, 0xa3, 0xc1, 0xbb, 0xe0, 0x84, 0xc3, 0xc3, 0x5c, 0x56,
 271         0xb7, 0x18, 0x79, 0xb2, 0xd7, 0x3b, 0x79, 0x6e, 0x6f, 0x38, 0x0f, 0xbe, 0x1d, 0x75, 0x2a, 0x59,
 272         0x52, 0x51, 0x44, 0x52, 0x15, 0xf6, 0xdd, 0xbb, 0xfb, 0xe3, 0x96, 0xa2, 0x35, 0xd7, 0xab, 0xff,
 273         0x82, 0xe3, 0xee, 0xfc, 0x37, 0x08, 0x2e, 0x37, 0x9d, 0xf2, 0xed, 0xbf, 0x00, 0x00, 0x00, 0xff,
 274         0xff, 0x37, 0xed, 0xaa, 0xaa, 0x34, 0x04, 0x00, 0x00,
 275 }