OSDN Git Service

new repo
[bytom/vapor.git] / vendor / google.golang.org / genproto / googleapis / genomics / v1 / references.pb.go
1 // Code generated by protoc-gen-go. DO NOT EDIT.
2 // source: google/genomics/v1/references.proto
3
4 package genomics
5
6 import proto "github.com/golang/protobuf/proto"
7 import fmt "fmt"
8 import math "math"
9 import _ "google.golang.org/genproto/googleapis/api/annotations"
10
11 import (
12         context "golang.org/x/net/context"
13         grpc "google.golang.org/grpc"
14 )
15
16 // Reference imports to suppress errors if they are not otherwise used.
17 var _ = proto.Marshal
18 var _ = fmt.Errorf
19 var _ = math.Inf
20
21 // A reference is a canonical assembled DNA sequence, intended to act as a
22 // reference coordinate space for other genomic annotations. A single reference
23 // might represent the human chromosome 1 or mitochandrial DNA, for instance. A
24 // reference belongs to one or more reference sets.
25 //
26 // For more genomics resource definitions, see [Fundamentals of Google
27 // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
28 type Reference struct {
29         // The server-generated reference ID, unique across all references.
30         Id string `protobuf:"bytes,1,opt,name=id" json:"id,omitempty"`
31         // The length of this reference's sequence.
32         Length int64 `protobuf:"varint,2,opt,name=length" json:"length,omitempty"`
33         // MD5 of the upper-case sequence excluding all whitespace characters (this
34         // is equivalent to SQ:M5 in SAM). This value is represented in lower case
35         // hexadecimal format.
36         Md5Checksum string `protobuf:"bytes,3,opt,name=md5checksum" json:"md5checksum,omitempty"`
37         // The name of this reference, for example `22`.
38         Name string `protobuf:"bytes,4,opt,name=name" json:"name,omitempty"`
39         // The URI from which the sequence was obtained. Typically specifies a FASTA
40         // format file.
41         SourceUri string `protobuf:"bytes,5,opt,name=source_uri,json=sourceUri" json:"source_uri,omitempty"`
42         // All known corresponding accession IDs in INSDC (GenBank/ENA/DDBJ) ideally
43         // with a version number, for example `GCF_000001405.26`.
44         SourceAccessions []string `protobuf:"bytes,6,rep,name=source_accessions,json=sourceAccessions" json:"source_accessions,omitempty"`
45         // ID from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy. For example, 9606 for human.
46         NcbiTaxonId int32 `protobuf:"varint,7,opt,name=ncbi_taxon_id,json=ncbiTaxonId" json:"ncbi_taxon_id,omitempty"`
47 }
48
49 func (m *Reference) Reset()                    { *m = Reference{} }
50 func (m *Reference) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
51 func (*Reference) ProtoMessage()               {}
52 func (*Reference) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{0} }
53
54 func (m *Reference) GetId() string {
55         if m != nil {
56                 return m.Id
57         }
58         return ""
59 }
60
61 func (m *Reference) GetLength() int64 {
62         if m != nil {
63                 return m.Length
64         }
65         return 0
66 }
67
68 func (m *Reference) GetMd5Checksum() string {
69         if m != nil {
70                 return m.Md5Checksum
71         }
72         return ""
73 }
74
75 func (m *Reference) GetName() string {
76         if m != nil {
77                 return m.Name
78         }
79         return ""
80 }
81
82 func (m *Reference) GetSourceUri() string {
83         if m != nil {
84                 return m.SourceUri
85         }
86         return ""
87 }
88
89 func (m *Reference) GetSourceAccessions() []string {
90         if m != nil {
91                 return m.SourceAccessions
92         }
93         return nil
94 }
95
96 func (m *Reference) GetNcbiTaxonId() int32 {
97         if m != nil {
98                 return m.NcbiTaxonId
99         }
100         return 0
101 }
102
103 // A reference set is a set of references which typically comprise a reference
104 // assembly for a species, such as `GRCh38` which is representative
105 // of the human genome. A reference set defines a common coordinate space for
106 // comparing reference-aligned experimental data. A reference set contains 1 or
107 // more references.
108 //
109 // For more genomics resource definitions, see [Fundamentals of Google
110 // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
111 type ReferenceSet struct {
112         // The server-generated reference set ID, unique across all reference sets.
113         Id string `protobuf:"bytes,1,opt,name=id" json:"id,omitempty"`
114         // The IDs of the reference objects that are part of this set.
115         // `Reference.md5checksum` must be unique within this set.
116         ReferenceIds []string `protobuf:"bytes,2,rep,name=reference_ids,json=referenceIds" json:"reference_ids,omitempty"`
117         // Order-independent MD5 checksum which identifies this reference set. The
118         // checksum is computed by sorting all lower case hexidecimal string
119         // `reference.md5checksum` (for all reference in this set) in
120         // ascending lexicographic order, concatenating, and taking the MD5 of that
121         // value. The resulting value is represented in lower case hexadecimal format.
122         Md5Checksum string `protobuf:"bytes,3,opt,name=md5checksum" json:"md5checksum,omitempty"`
123         // ID from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy (for example, 9606 for human)
124         // indicating the species which this reference set is intended to model. Note
125         // that contained references may specify a different `ncbiTaxonId`, as
126         // assemblies may contain reference sequences which do not belong to the
127         // modeled species, for example EBV in a human reference genome.
128         NcbiTaxonId int32 `protobuf:"varint,4,opt,name=ncbi_taxon_id,json=ncbiTaxonId" json:"ncbi_taxon_id,omitempty"`
129         // Free text description of this reference set.
130         Description string `protobuf:"bytes,5,opt,name=description" json:"description,omitempty"`
131         // Public id of this reference set, such as `GRCh37`.
132         AssemblyId string `protobuf:"bytes,6,opt,name=assembly_id,json=assemblyId" json:"assembly_id,omitempty"`
133         // The URI from which the references were obtained.
134         SourceUri string `protobuf:"bytes,7,opt,name=source_uri,json=sourceUri" json:"source_uri,omitempty"`
135         // All known corresponding accession IDs in INSDC (GenBank/ENA/DDBJ) ideally
136         // with a version number, for example `NC_000001.11`.
137         SourceAccessions []string `protobuf:"bytes,8,rep,name=source_accessions,json=sourceAccessions" json:"source_accessions,omitempty"`
138 }
139
140 func (m *ReferenceSet) Reset()                    { *m = ReferenceSet{} }
141 func (m *ReferenceSet) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
142 func (*ReferenceSet) ProtoMessage()               {}
143 func (*ReferenceSet) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{1} }
144
145 func (m *ReferenceSet) GetId() string {
146         if m != nil {
147                 return m.Id
148         }
149         return ""
150 }
151
152 func (m *ReferenceSet) GetReferenceIds() []string {
153         if m != nil {
154                 return m.ReferenceIds
155         }
156         return nil
157 }
158
159 func (m *ReferenceSet) GetMd5Checksum() string {
160         if m != nil {
161                 return m.Md5Checksum
162         }
163         return ""
164 }
165
166 func (m *ReferenceSet) GetNcbiTaxonId() int32 {
167         if m != nil {
168                 return m.NcbiTaxonId
169         }
170         return 0
171 }
172
173 func (m *ReferenceSet) GetDescription() string {
174         if m != nil {
175                 return m.Description
176         }
177         return ""
178 }
179
180 func (m *ReferenceSet) GetAssemblyId() string {
181         if m != nil {
182                 return m.AssemblyId
183         }
184         return ""
185 }
186
187 func (m *ReferenceSet) GetSourceUri() string {
188         if m != nil {
189                 return m.SourceUri
190         }
191         return ""
192 }
193
194 func (m *ReferenceSet) GetSourceAccessions() []string {
195         if m != nil {
196                 return m.SourceAccessions
197         }
198         return nil
199 }
200
201 type SearchReferenceSetsRequest struct {
202         // If present, return reference sets for which the
203         // [md5checksum][google.genomics.v1.ReferenceSet.md5checksum] matches exactly.
204         Md5Checksums []string `protobuf:"bytes,1,rep,name=md5checksums" json:"md5checksums,omitempty"`
205         // If present, return reference sets for which a prefix of any of
206         // [sourceAccessions][google.genomics.v1.ReferenceSet.source_accessions]
207         // match any of these strings. Accession numbers typically have a main number
208         // and a version, for example `NC_000001.11`.
209         Accessions []string `protobuf:"bytes,2,rep,name=accessions" json:"accessions,omitempty"`
210         // If present, return reference sets for which a substring of their
211         // `assemblyId` matches this string (case insensitive).
212         AssemblyId string `protobuf:"bytes,3,opt,name=assembly_id,json=assemblyId" json:"assembly_id,omitempty"`
213         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
214         // To get the next page of results, set this parameter to the value of
215         // `nextPageToken` from the previous response.
216         PageToken string `protobuf:"bytes,4,opt,name=page_token,json=pageToken" json:"page_token,omitempty"`
217         // The maximum number of results to return in a single page. If unspecified,
218         // defaults to 1024. The maximum value is 4096.
219         PageSize int32 `protobuf:"varint,5,opt,name=page_size,json=pageSize" json:"page_size,omitempty"`
220 }
221
222 func (m *SearchReferenceSetsRequest) Reset()                    { *m = SearchReferenceSetsRequest{} }
223 func (m *SearchReferenceSetsRequest) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
224 func (*SearchReferenceSetsRequest) ProtoMessage()               {}
225 func (*SearchReferenceSetsRequest) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{2} }
226
227 func (m *SearchReferenceSetsRequest) GetMd5Checksums() []string {
228         if m != nil {
229                 return m.Md5Checksums
230         }
231         return nil
232 }
233
234 func (m *SearchReferenceSetsRequest) GetAccessions() []string {
235         if m != nil {
236                 return m.Accessions
237         }
238         return nil
239 }
240
241 func (m *SearchReferenceSetsRequest) GetAssemblyId() string {
242         if m != nil {
243                 return m.AssemblyId
244         }
245         return ""
246 }
247
248 func (m *SearchReferenceSetsRequest) GetPageToken() string {
249         if m != nil {
250                 return m.PageToken
251         }
252         return ""
253 }
254
255 func (m *SearchReferenceSetsRequest) GetPageSize() int32 {
256         if m != nil {
257                 return m.PageSize
258         }
259         return 0
260 }
261
262 type SearchReferenceSetsResponse struct {
263         // The matching references sets.
264         ReferenceSets []*ReferenceSet `protobuf:"bytes,1,rep,name=reference_sets,json=referenceSets" json:"reference_sets,omitempty"`
265         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
266         // Provide this value in a subsequent request to return the next page of
267         // results. This field will be empty if there aren't any additional results.
268         NextPageToken string `protobuf:"bytes,2,opt,name=next_page_token,json=nextPageToken" json:"next_page_token,omitempty"`
269 }
270
271 func (m *SearchReferenceSetsResponse) Reset()                    { *m = SearchReferenceSetsResponse{} }
272 func (m *SearchReferenceSetsResponse) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
273 func (*SearchReferenceSetsResponse) ProtoMessage()               {}
274 func (*SearchReferenceSetsResponse) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{3} }
275
276 func (m *SearchReferenceSetsResponse) GetReferenceSets() []*ReferenceSet {
277         if m != nil {
278                 return m.ReferenceSets
279         }
280         return nil
281 }
282
283 func (m *SearchReferenceSetsResponse) GetNextPageToken() string {
284         if m != nil {
285                 return m.NextPageToken
286         }
287         return ""
288 }
289
290 type GetReferenceSetRequest struct {
291         // The ID of the reference set.
292         ReferenceSetId string `protobuf:"bytes,1,opt,name=reference_set_id,json=referenceSetId" json:"reference_set_id,omitempty"`
293 }
294
295 func (m *GetReferenceSetRequest) Reset()                    { *m = GetReferenceSetRequest{} }
296 func (m *GetReferenceSetRequest) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
297 func (*GetReferenceSetRequest) ProtoMessage()               {}
298 func (*GetReferenceSetRequest) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{4} }
299
300 func (m *GetReferenceSetRequest) GetReferenceSetId() string {
301         if m != nil {
302                 return m.ReferenceSetId
303         }
304         return ""
305 }
306
307 type SearchReferencesRequest struct {
308         // If present, return references for which the
309         // [md5checksum][google.genomics.v1.Reference.md5checksum] matches exactly.
310         Md5Checksums []string `protobuf:"bytes,1,rep,name=md5checksums" json:"md5checksums,omitempty"`
311         // If present, return references for which a prefix of any of
312         // [sourceAccessions][google.genomics.v1.Reference.source_accessions] match
313         // any of these strings. Accession numbers typically have a main number and a
314         // version, for example `GCF_000001405.26`.
315         Accessions []string `protobuf:"bytes,2,rep,name=accessions" json:"accessions,omitempty"`
316         // If present, return only references which belong to this reference set.
317         ReferenceSetId string `protobuf:"bytes,3,opt,name=reference_set_id,json=referenceSetId" json:"reference_set_id,omitempty"`
318         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
319         // To get the next page of results, set this parameter to the value of
320         // `nextPageToken` from the previous response.
321         PageToken string `protobuf:"bytes,4,opt,name=page_token,json=pageToken" json:"page_token,omitempty"`
322         // The maximum number of results to return in a single page. If unspecified,
323         // defaults to 1024. The maximum value is 4096.
324         PageSize int32 `protobuf:"varint,5,opt,name=page_size,json=pageSize" json:"page_size,omitempty"`
325 }
326
327 func (m *SearchReferencesRequest) Reset()                    { *m = SearchReferencesRequest{} }
328 func (m *SearchReferencesRequest) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
329 func (*SearchReferencesRequest) ProtoMessage()               {}
330 func (*SearchReferencesRequest) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{5} }
331
332 func (m *SearchReferencesRequest) GetMd5Checksums() []string {
333         if m != nil {
334                 return m.Md5Checksums
335         }
336         return nil
337 }
338
339 func (m *SearchReferencesRequest) GetAccessions() []string {
340         if m != nil {
341                 return m.Accessions
342         }
343         return nil
344 }
345
346 func (m *SearchReferencesRequest) GetReferenceSetId() string {
347         if m != nil {
348                 return m.ReferenceSetId
349         }
350         return ""
351 }
352
353 func (m *SearchReferencesRequest) GetPageToken() string {
354         if m != nil {
355                 return m.PageToken
356         }
357         return ""
358 }
359
360 func (m *SearchReferencesRequest) GetPageSize() int32 {
361         if m != nil {
362                 return m.PageSize
363         }
364         return 0
365 }
366
367 type SearchReferencesResponse struct {
368         // The matching references.
369         References []*Reference `protobuf:"bytes,1,rep,name=references" json:"references,omitempty"`
370         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
371         // Provide this value in a subsequent request to return the next page of
372         // results. This field will be empty if there aren't any additional results.
373         NextPageToken string `protobuf:"bytes,2,opt,name=next_page_token,json=nextPageToken" json:"next_page_token,omitempty"`
374 }
375
376 func (m *SearchReferencesResponse) Reset()                    { *m = SearchReferencesResponse{} }
377 func (m *SearchReferencesResponse) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
378 func (*SearchReferencesResponse) ProtoMessage()               {}
379 func (*SearchReferencesResponse) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{6} }
380
381 func (m *SearchReferencesResponse) GetReferences() []*Reference {
382         if m != nil {
383                 return m.References
384         }
385         return nil
386 }
387
388 func (m *SearchReferencesResponse) GetNextPageToken() string {
389         if m != nil {
390                 return m.NextPageToken
391         }
392         return ""
393 }
394
395 type GetReferenceRequest struct {
396         // The ID of the reference.
397         ReferenceId string `protobuf:"bytes,1,opt,name=reference_id,json=referenceId" json:"reference_id,omitempty"`
398 }
399
400 func (m *GetReferenceRequest) Reset()                    { *m = GetReferenceRequest{} }
401 func (m *GetReferenceRequest) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
402 func (*GetReferenceRequest) ProtoMessage()               {}
403 func (*GetReferenceRequest) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{7} }
404
405 func (m *GetReferenceRequest) GetReferenceId() string {
406         if m != nil {
407                 return m.ReferenceId
408         }
409         return ""
410 }
411
412 type ListBasesRequest struct {
413         // The ID of the reference.
414         ReferenceId string `protobuf:"bytes,1,opt,name=reference_id,json=referenceId" json:"reference_id,omitempty"`
415         // The start position (0-based) of this query. Defaults to 0.
416         Start int64 `protobuf:"varint,2,opt,name=start" json:"start,omitempty"`
417         // The end position (0-based, exclusive) of this query. Defaults to the length
418         // of this reference.
419         End int64 `protobuf:"varint,3,opt,name=end" json:"end,omitempty"`
420         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
421         // To get the next page of results, set this parameter to the value of
422         // `nextPageToken` from the previous response.
423         PageToken string `protobuf:"bytes,4,opt,name=page_token,json=pageToken" json:"page_token,omitempty"`
424         // The maximum number of bases to return in a single page. If unspecified,
425         // defaults to 200Kbp (kilo base pairs). The maximum value is 10Mbp (mega base
426         // pairs).
427         PageSize int32 `protobuf:"varint,5,opt,name=page_size,json=pageSize" json:"page_size,omitempty"`
428 }
429
430 func (m *ListBasesRequest) Reset()                    { *m = ListBasesRequest{} }
431 func (m *ListBasesRequest) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
432 func (*ListBasesRequest) ProtoMessage()               {}
433 func (*ListBasesRequest) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{8} }
434
435 func (m *ListBasesRequest) GetReferenceId() string {
436         if m != nil {
437                 return m.ReferenceId
438         }
439         return ""
440 }
441
442 func (m *ListBasesRequest) GetStart() int64 {
443         if m != nil {
444                 return m.Start
445         }
446         return 0
447 }
448
449 func (m *ListBasesRequest) GetEnd() int64 {
450         if m != nil {
451                 return m.End
452         }
453         return 0
454 }
455
456 func (m *ListBasesRequest) GetPageToken() string {
457         if m != nil {
458                 return m.PageToken
459         }
460         return ""
461 }
462
463 func (m *ListBasesRequest) GetPageSize() int32 {
464         if m != nil {
465                 return m.PageSize
466         }
467         return 0
468 }
469
470 type ListBasesResponse struct {
471         // The offset position (0-based) of the given `sequence` from the
472         // start of this `Reference`. This value will differ for each page
473         // in a paginated request.
474         Offset int64 `protobuf:"varint,1,opt,name=offset" json:"offset,omitempty"`
475         // A substring of the bases that make up this reference.
476         Sequence string `protobuf:"bytes,2,opt,name=sequence" json:"sequence,omitempty"`
477         // The continuation token, which is used to page through large result sets.
478         // Provide this value in a subsequent request to return the next page of
479         // results. This field will be empty if there aren't any additional results.
480         NextPageToken string `protobuf:"bytes,3,opt,name=next_page_token,json=nextPageToken" json:"next_page_token,omitempty"`
481 }
482
483 func (m *ListBasesResponse) Reset()                    { *m = ListBasesResponse{} }
484 func (m *ListBasesResponse) String() string            { return proto.CompactTextString(m) }
485 func (*ListBasesResponse) ProtoMessage()               {}
486 func (*ListBasesResponse) Descriptor() ([]byte, []int) { return fileDescriptor10, []int{9} }
487
488 func (m *ListBasesResponse) GetOffset() int64 {
489         if m != nil {
490                 return m.Offset
491         }
492         return 0
493 }
494
495 func (m *ListBasesResponse) GetSequence() string {
496         if m != nil {
497                 return m.Sequence
498         }
499         return ""
500 }
501
502 func (m *ListBasesResponse) GetNextPageToken() string {
503         if m != nil {
504                 return m.NextPageToken
505         }
506         return ""
507 }
508
509 func init() {
510         proto.RegisterType((*Reference)(nil), "google.genomics.v1.Reference")
511         proto.RegisterType((*ReferenceSet)(nil), "google.genomics.v1.ReferenceSet")
512         proto.RegisterType((*SearchReferenceSetsRequest)(nil), "google.genomics.v1.SearchReferenceSetsRequest")
513         proto.RegisterType((*SearchReferenceSetsResponse)(nil), "google.genomics.v1.SearchReferenceSetsResponse")
514         proto.RegisterType((*GetReferenceSetRequest)(nil), "google.genomics.v1.GetReferenceSetRequest")
515         proto.RegisterType((*SearchReferencesRequest)(nil), "google.genomics.v1.SearchReferencesRequest")
516         proto.RegisterType((*SearchReferencesResponse)(nil), "google.genomics.v1.SearchReferencesResponse")
517         proto.RegisterType((*GetReferenceRequest)(nil), "google.genomics.v1.GetReferenceRequest")
518         proto.RegisterType((*ListBasesRequest)(nil), "google.genomics.v1.ListBasesRequest")
519         proto.RegisterType((*ListBasesResponse)(nil), "google.genomics.v1.ListBasesResponse")
520 }
521
522 // Reference imports to suppress errors if they are not otherwise used.
523 var _ context.Context
524 var _ grpc.ClientConn
525
526 // This is a compile-time assertion to ensure that this generated file
527 // is compatible with the grpc package it is being compiled against.
528 const _ = grpc.SupportPackageIsVersion4
529
530 // Client API for ReferenceServiceV1 service
531
532 type ReferenceServiceV1Client interface {
533         // Searches for reference sets which match the given criteria.
534         //
535         // For the definitions of references and other genomics resources, see
536         // [Fundamentals of Google
537         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
538         //
539         // Implements
540         // [GlobalAllianceApi.searchReferenceSets](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L71)
541         SearchReferenceSets(ctx context.Context, in *SearchReferenceSetsRequest, opts ...grpc.CallOption) (*SearchReferenceSetsResponse, error)
542         // Gets a reference set.
543         //
544         // For the definitions of references and other genomics resources, see
545         // [Fundamentals of Google
546         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
547         //
548         // Implements
549         // [GlobalAllianceApi.getReferenceSet](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L83).
550         GetReferenceSet(ctx context.Context, in *GetReferenceSetRequest, opts ...grpc.CallOption) (*ReferenceSet, error)
551         // Searches for references which match the given criteria.
552         //
553         // For the definitions of references and other genomics resources, see
554         // [Fundamentals of Google
555         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
556         //
557         // Implements
558         // [GlobalAllianceApi.searchReferences](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L146).
559         SearchReferences(ctx context.Context, in *SearchReferencesRequest, opts ...grpc.CallOption) (*SearchReferencesResponse, error)
560         // Gets a reference.
561         //
562         // For the definitions of references and other genomics resources, see
563         // [Fundamentals of Google
564         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
565         //
566         // Implements
567         // [GlobalAllianceApi.getReference](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L158).
568         GetReference(ctx context.Context, in *GetReferenceRequest, opts ...grpc.CallOption) (*Reference, error)
569         // Lists the bases in a reference, optionally restricted to a range.
570         //
571         // For the definitions of references and other genomics resources, see
572         // [Fundamentals of Google
573         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
574         //
575         // Implements
576         // [GlobalAllianceApi.getReferenceBases](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L221).
577         ListBases(ctx context.Context, in *ListBasesRequest, opts ...grpc.CallOption) (*ListBasesResponse, error)
578 }
579
580 type referenceServiceV1Client struct {
581         cc *grpc.ClientConn
582 }
583
584 func NewReferenceServiceV1Client(cc *grpc.ClientConn) ReferenceServiceV1Client {
585         return &referenceServiceV1Client{cc}
586 }
587
588 func (c *referenceServiceV1Client) SearchReferenceSets(ctx context.Context, in *SearchReferenceSetsRequest, opts ...grpc.CallOption) (*SearchReferenceSetsResponse, error) {
589         out := new(SearchReferenceSetsResponse)
590         err := grpc.Invoke(ctx, "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/SearchReferenceSets", in, out, c.cc, opts...)
591         if err != nil {
592                 return nil, err
593         }
594         return out, nil
595 }
596
597 func (c *referenceServiceV1Client) GetReferenceSet(ctx context.Context, in *GetReferenceSetRequest, opts ...grpc.CallOption) (*ReferenceSet, error) {
598         out := new(ReferenceSet)
599         err := grpc.Invoke(ctx, "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/GetReferenceSet", in, out, c.cc, opts...)
600         if err != nil {
601                 return nil, err
602         }
603         return out, nil
604 }
605
606 func (c *referenceServiceV1Client) SearchReferences(ctx context.Context, in *SearchReferencesRequest, opts ...grpc.CallOption) (*SearchReferencesResponse, error) {
607         out := new(SearchReferencesResponse)
608         err := grpc.Invoke(ctx, "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/SearchReferences", in, out, c.cc, opts...)
609         if err != nil {
610                 return nil, err
611         }
612         return out, nil
613 }
614
615 func (c *referenceServiceV1Client) GetReference(ctx context.Context, in *GetReferenceRequest, opts ...grpc.CallOption) (*Reference, error) {
616         out := new(Reference)
617         err := grpc.Invoke(ctx, "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/GetReference", in, out, c.cc, opts...)
618         if err != nil {
619                 return nil, err
620         }
621         return out, nil
622 }
623
624 func (c *referenceServiceV1Client) ListBases(ctx context.Context, in *ListBasesRequest, opts ...grpc.CallOption) (*ListBasesResponse, error) {
625         out := new(ListBasesResponse)
626         err := grpc.Invoke(ctx, "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/ListBases", in, out, c.cc, opts...)
627         if err != nil {
628                 return nil, err
629         }
630         return out, nil
631 }
632
633 // Server API for ReferenceServiceV1 service
634
635 type ReferenceServiceV1Server interface {
636         // Searches for reference sets which match the given criteria.
637         //
638         // For the definitions of references and other genomics resources, see
639         // [Fundamentals of Google
640         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
641         //
642         // Implements
643         // [GlobalAllianceApi.searchReferenceSets](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L71)
644         SearchReferenceSets(context.Context, *SearchReferenceSetsRequest) (*SearchReferenceSetsResponse, error)
645         // Gets a reference set.
646         //
647         // For the definitions of references and other genomics resources, see
648         // [Fundamentals of Google
649         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
650         //
651         // Implements
652         // [GlobalAllianceApi.getReferenceSet](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L83).
653         GetReferenceSet(context.Context, *GetReferenceSetRequest) (*ReferenceSet, error)
654         // Searches for references which match the given criteria.
655         //
656         // For the definitions of references and other genomics resources, see
657         // [Fundamentals of Google
658         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
659         //
660         // Implements
661         // [GlobalAllianceApi.searchReferences](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L146).
662         SearchReferences(context.Context, *SearchReferencesRequest) (*SearchReferencesResponse, error)
663         // Gets a reference.
664         //
665         // For the definitions of references and other genomics resources, see
666         // [Fundamentals of Google
667         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
668         //
669         // Implements
670         // [GlobalAllianceApi.getReference](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L158).
671         GetReference(context.Context, *GetReferenceRequest) (*Reference, error)
672         // Lists the bases in a reference, optionally restricted to a range.
673         //
674         // For the definitions of references and other genomics resources, see
675         // [Fundamentals of Google
676         // Genomics](https://cloud.google.com/genomics/fundamentals-of-google-genomics)
677         //
678         // Implements
679         // [GlobalAllianceApi.getReferenceBases](https://github.com/ga4gh/schemas/blob/v0.5.1/src/main/resources/avro/referencemethods.avdl#L221).
680         ListBases(context.Context, *ListBasesRequest) (*ListBasesResponse, error)
681 }
682
683 func RegisterReferenceServiceV1Server(s *grpc.Server, srv ReferenceServiceV1Server) {
684         s.RegisterService(&_ReferenceServiceV1_serviceDesc, srv)
685 }
686
687 func _ReferenceServiceV1_SearchReferenceSets_Handler(srv interface{}, ctx context.Context, dec func(interface{}) error, interceptor grpc.UnaryServerInterceptor) (interface{}, error) {
688         in := new(SearchReferenceSetsRequest)
689         if err := dec(in); err != nil {
690                 return nil, err
691         }
692         if interceptor == nil {
693                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).SearchReferenceSets(ctx, in)
694         }
695         info := &grpc.UnaryServerInfo{
696                 Server:     srv,
697                 FullMethod: "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/SearchReferenceSets",
698         }
699         handler := func(ctx context.Context, req interface{}) (interface{}, error) {
700                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).SearchReferenceSets(ctx, req.(*SearchReferenceSetsRequest))
701         }
702         return interceptor(ctx, in, info, handler)
703 }
704
705 func _ReferenceServiceV1_GetReferenceSet_Handler(srv interface{}, ctx context.Context, dec func(interface{}) error, interceptor grpc.UnaryServerInterceptor) (interface{}, error) {
706         in := new(GetReferenceSetRequest)
707         if err := dec(in); err != nil {
708                 return nil, err
709         }
710         if interceptor == nil {
711                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).GetReferenceSet(ctx, in)
712         }
713         info := &grpc.UnaryServerInfo{
714                 Server:     srv,
715                 FullMethod: "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/GetReferenceSet",
716         }
717         handler := func(ctx context.Context, req interface{}) (interface{}, error) {
718                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).GetReferenceSet(ctx, req.(*GetReferenceSetRequest))
719         }
720         return interceptor(ctx, in, info, handler)
721 }
722
723 func _ReferenceServiceV1_SearchReferences_Handler(srv interface{}, ctx context.Context, dec func(interface{}) error, interceptor grpc.UnaryServerInterceptor) (interface{}, error) {
724         in := new(SearchReferencesRequest)
725         if err := dec(in); err != nil {
726                 return nil, err
727         }
728         if interceptor == nil {
729                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).SearchReferences(ctx, in)
730         }
731         info := &grpc.UnaryServerInfo{
732                 Server:     srv,
733                 FullMethod: "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/SearchReferences",
734         }
735         handler := func(ctx context.Context, req interface{}) (interface{}, error) {
736                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).SearchReferences(ctx, req.(*SearchReferencesRequest))
737         }
738         return interceptor(ctx, in, info, handler)
739 }
740
741 func _ReferenceServiceV1_GetReference_Handler(srv interface{}, ctx context.Context, dec func(interface{}) error, interceptor grpc.UnaryServerInterceptor) (interface{}, error) {
742         in := new(GetReferenceRequest)
743         if err := dec(in); err != nil {
744                 return nil, err
745         }
746         if interceptor == nil {
747                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).GetReference(ctx, in)
748         }
749         info := &grpc.UnaryServerInfo{
750                 Server:     srv,
751                 FullMethod: "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/GetReference",
752         }
753         handler := func(ctx context.Context, req interface{}) (interface{}, error) {
754                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).GetReference(ctx, req.(*GetReferenceRequest))
755         }
756         return interceptor(ctx, in, info, handler)
757 }
758
759 func _ReferenceServiceV1_ListBases_Handler(srv interface{}, ctx context.Context, dec func(interface{}) error, interceptor grpc.UnaryServerInterceptor) (interface{}, error) {
760         in := new(ListBasesRequest)
761         if err := dec(in); err != nil {
762                 return nil, err
763         }
764         if interceptor == nil {
765                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).ListBases(ctx, in)
766         }
767         info := &grpc.UnaryServerInfo{
768                 Server:     srv,
769                 FullMethod: "/google.genomics.v1.ReferenceServiceV1/ListBases",
770         }
771         handler := func(ctx context.Context, req interface{}) (interface{}, error) {
772                 return srv.(ReferenceServiceV1Server).ListBases(ctx, req.(*ListBasesRequest))
773         }
774         return interceptor(ctx, in, info, handler)
775 }
776
777 var _ReferenceServiceV1_serviceDesc = grpc.ServiceDesc{
778         ServiceName: "google.genomics.v1.ReferenceServiceV1",
779         HandlerType: (*ReferenceServiceV1Server)(nil),
780         Methods: []grpc.MethodDesc{
781                 {
782                         MethodName: "SearchReferenceSets",
783                         Handler:    _ReferenceServiceV1_SearchReferenceSets_Handler,
784                 },
785                 {
786                         MethodName: "GetReferenceSet",
787                         Handler:    _ReferenceServiceV1_GetReferenceSet_Handler,
788                 },
789                 {
790                         MethodName: "SearchReferences",
791                         Handler:    _ReferenceServiceV1_SearchReferences_Handler,
792                 },
793                 {
794                         MethodName: "GetReference",
795                         Handler:    _ReferenceServiceV1_GetReference_Handler,
796                 },
797                 {
798                         MethodName: "ListBases",
799                         Handler:    _ReferenceServiceV1_ListBases_Handler,
800                 },
801         },
802         Streams:  []grpc.StreamDesc{},
803         Metadata: "google/genomics/v1/references.proto",
804 }
805
806 func init() { proto.RegisterFile("google/genomics/v1/references.proto", fileDescriptor10) }
807
808 var fileDescriptor10 = []byte{
809         // 851 bytes of a gzipped FileDescriptorProto
810         0x1f, 0x8b, 0x08, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x00, 0x02, 0xff, 0xac, 0x56, 0x41, 0x6f, 0x1b, 0x45,
811         0x14, 0xd6, 0x78, 0x63, 0x37, 0x7e, 0x76, 0x12, 0xf7, 0x15, 0xc2, 0xca, 0x25, 0xd4, 0x6c, 0x9a,
812         0x62, 0x35, 0x95, 0x57, 0x29, 0x42, 0x42, 0x45, 0x1c, 0xc8, 0xa5, 0x8a, 0xc4, 0x21, 0xda, 0x14,
813         0x0e, 0x5c, 0x56, 0x9b, 0xdd, 0x89, 0x33, 0x34, 0xde, 0x31, 0x3b, 0x93, 0xa8, 0xb4, 0xca, 0x01,
814         0x24, 0x8e, 0xc0, 0x81, 0x0b, 0x88, 0xdf, 0xc2, 0x89, 0x9f, 0xc0, 0x09, 0x71, 0xe5, 0x47, 0x70,
815         0x44, 0x33, 0x3b, 0xbb, 0x1e, 0xaf, 0x97, 0xd8, 0x52, 0xb9, 0xed, 0x7c, 0xf3, 0xe6, 0xcd, 0xf7,
816         0x7d, 0x6f, 0xde, 0xec, 0xc0, 0xee, 0x98, 0xf3, 0xf1, 0x05, 0xf5, 0xc7, 0x34, 0xe5, 0x13, 0x16,
817         0x0b, 0xff, 0xea, 0xc0, 0xcf, 0xe8, 0x19, 0xcd, 0x68, 0x1a, 0x53, 0x31, 0x9a, 0x66, 0x5c, 0x72,
818         0xc4, 0x3c, 0x68, 0x54, 0x04, 0x8d, 0xae, 0x0e, 0xfa, 0x6f, 0x9b, 0x85, 0xd1, 0x94, 0xf9, 0x51,
819         0x9a, 0x72, 0x19, 0x49, 0xc6, 0x53, 0xb3, 0xc2, 0xfb, 0x93, 0x40, 0x3b, 0x28, 0xd2, 0xe0, 0x26,
820         0x34, 0x58, 0xe2, 0x92, 0x01, 0x19, 0xb6, 0x83, 0x06, 0x4b, 0x70, 0x1b, 0x5a, 0x17, 0x34, 0x1d,
821         0xcb, 0x73, 0xb7, 0x31, 0x20, 0x43, 0x27, 0x30, 0x23, 0x1c, 0x40, 0x67, 0x92, 0x7c, 0x10, 0x9f,
822         0xd3, 0xf8, 0xb9, 0xb8, 0x9c, 0xb8, 0x8e, 0x5e, 0x60, 0x43, 0x88, 0xb0, 0x96, 0x46, 0x13, 0xea,
823         0xae, 0xe9, 0x29, 0xfd, 0x8d, 0x3b, 0x00, 0x82, 0x5f, 0x66, 0x31, 0x0d, 0x2f, 0x33, 0xe6, 0x36,
824         0xf5, 0x4c, 0x3b, 0x47, 0x3e, 0xcb, 0x18, 0xee, 0xc3, 0x6d, 0x33, 0x1d, 0xc5, 0x31, 0x15, 0x42,
825         0xb1, 0x74, 0x5b, 0x03, 0x67, 0xd8, 0x0e, 0x7a, 0xf9, 0xc4, 0x27, 0x25, 0x8e, 0x1e, 0x6c, 0xa4,
826         0xf1, 0x29, 0x0b, 0x65, 0xf4, 0x82, 0xa7, 0x21, 0x4b, 0xdc, 0x5b, 0x03, 0x32, 0x6c, 0x06, 0x1d,
827         0x05, 0x3e, 0x53, 0xd8, 0x51, 0xe2, 0xfd, 0xdc, 0x80, 0x6e, 0xa9, 0xed, 0x84, 0xca, 0x05, 0x79,
828         0xbb, 0xb0, 0x51, 0x5a, 0x18, 0xb2, 0x44, 0xb8, 0x0d, 0xbd, 0x5b, 0xb7, 0x04, 0x8f, 0x12, 0xb1,
829         0x82, 0xd6, 0x05, 0x2e, 0x6b, 0x0b, 0x5c, 0x54, 0x96, 0x84, 0x8a, 0x38, 0x63, 0x53, 0xe5, 0xbe,
830         0x11, 0x6f, 0x43, 0x78, 0x0f, 0x3a, 0x91, 0x10, 0x74, 0x72, 0x7a, 0xf1, 0xb5, 0xca, 0xd1, 0xd2,
831         0x11, 0x50, 0x40, 0x47, 0x49, 0xc5, 0xbe, 0x5b, 0x2b, 0xd9, 0xb7, 0x5e, 0x6f, 0x9f, 0xf7, 0x1b,
832         0x81, 0xfe, 0x09, 0x8d, 0xb2, 0xf8, 0xdc, 0x36, 0x48, 0x04, 0xf4, 0xab, 0x4b, 0x2a, 0x24, 0x7a,
833         0xd0, 0xb5, 0x04, 0x0a, 0x97, 0xe4, 0xbe, 0xd8, 0x18, 0xbe, 0x03, 0x60, 0x6d, 0x94, 0x3b, 0x67,
834         0x21, 0x55, 0x3d, 0x4e, 0x9d, 0x9e, 0x69, 0x34, 0xa6, 0xa1, 0xe4, 0xcf, 0x69, 0x6a, 0x0e, 0x4a,
835         0x5b, 0x21, 0xcf, 0x14, 0x80, 0x77, 0x41, 0x0f, 0x42, 0xc1, 0x5e, 0x52, 0xed, 0x57, 0x33, 0x58,
836         0x57, 0xc0, 0x09, 0x7b, 0x49, 0xbd, 0x1f, 0x08, 0xdc, 0xad, 0xe5, 0x2f, 0xa6, 0x3c, 0x15, 0x14,
837         0x9f, 0xc2, 0xe6, 0xac, 0xb2, 0x82, 0xca, 0x5c, 0x42, 0xe7, 0xf1, 0x60, 0xb4, 0xd8, 0x21, 0x23,
838         0x3b, 0x45, 0x30, 0x3b, 0x11, 0x2a, 0x21, 0x3e, 0x80, 0xad, 0x94, 0xbe, 0x90, 0xa1, 0xc5, 0xb4,
839         0xa1, 0x99, 0x6e, 0x28, 0xf8, 0xb8, 0x60, 0xeb, 0x1d, 0xc2, 0xf6, 0x53, 0x2a, 0xe7, 0x32, 0x19,
840         0x2f, 0x87, 0xd0, 0x9b, 0xa3, 0x12, 0x96, 0x47, 0x70, 0xd3, 0xde, 0xea, 0x28, 0xf1, 0x7e, 0x27,
841         0xf0, 0x56, 0x45, 0xd4, 0xff, 0x5a, 0x91, 0x3a, 0x26, 0x4e, 0x1d, 0x93, 0xd7, 0x2a, 0xcd, 0x37,
842         0x04, 0xdc, 0x45, 0x15, 0xa6, 0x2e, 0x1f, 0x03, 0xcc, 0x2e, 0x2d, 0x53, 0x93, 0x9d, 0x1b, 0x6b,
843         0x12, 0x58, 0x0b, 0x56, 0xae, 0xc6, 0x87, 0x70, 0xc7, 0xae, 0x46, 0x61, 0xe2, 0xbb, 0xd0, 0xb5,
844         0xfb, 0xdd, 0x94, 0xa1, 0x63, 0xb5, 0xbb, 0xf7, 0x0b, 0x81, 0xde, 0xa7, 0x4c, 0xc8, 0xc3, 0x48,
845         0xcc, 0xcc, 0x5f, 0xbe, 0x0e, 0xdf, 0x80, 0xa6, 0x90, 0x51, 0x26, 0xcd, 0x45, 0x99, 0x0f, 0xb0,
846         0x07, 0x0e, 0x4d, 0x73, 0x93, 0x9d, 0x40, 0x7d, 0xbe, 0x96, 0xb3, 0x1c, 0x6e, 0x5b, 0xd4, 0x8c,
847         0xa3, 0xdb, 0xd0, 0xe2, 0x67, 0x67, 0x82, 0x4a, 0xcd, 0xca, 0x09, 0xcc, 0x08, 0xfb, 0xb0, 0x2e,
848         0x14, 0xfd, 0x34, 0xa6, 0xc6, 0xa3, 0x72, 0x5c, 0x67, 0xa3, 0x53, 0x63, 0xe3, 0xe3, 0xbf, 0x9a,
849         0x80, 0xd6, 0x91, 0xce, 0xae, 0x58, 0x4c, 0x3f, 0x3f, 0xc0, 0x5f, 0x09, 0xdc, 0xa9, 0x69, 0x3e,
850         0x1c, 0xd5, 0x15, 0xf2, 0xbf, 0x6f, 0x99, 0xbe, 0xbf, 0x72, 0x7c, 0xae, 0xd5, 0xdb, 0xfd, 0xf6,
851         0x8f, 0xbf, 0x7f, 0x6a, 0xec, 0x78, 0xee, 0xfc, 0xcf, 0x8f, 0x4a, 0xe1, 0x0b, 0xbd, 0xec, 0x09,
852         0x79, 0x88, 0xdf, 0x13, 0xd8, 0xaa, 0xb4, 0x22, 0x3e, 0xac, 0xdb, 0xa9, 0xbe, 0x5f, 0xfb, 0x4b,
853         0xaf, 0x08, 0xef, 0x91, 0xa6, 0xf1, 0x00, 0xef, 0x2f, 0xd2, 0x78, 0x55, 0x6d, 0xb0, 0x6b, 0xfc,
854         0x91, 0x40, 0xaf, 0xda, 0x0f, 0xb8, 0xbf, 0x82, 0xf4, 0xd2, 0xa7, 0x47, 0xab, 0x05, 0x1b, 0x93,
855         0x06, 0x9a, 0x5d, 0xdf, 0x7b, 0x73, 0x9e, 0x9d, 0xe5, 0xd0, 0x35, 0x74, 0x6d, 0xed, 0xf8, 0xde,
856         0x32, 0x77, 0x0a, 0x22, 0x37, 0x77, 0xaa, 0xb7, 0xa7, 0x77, 0xbe, 0x87, 0x3b, 0x95, 0x9d, 0x5f,
857         0xd9, 0xcd, 0x73, 0x8d, 0xdf, 0x11, 0x68, 0x97, 0xe7, 0x18, 0xef, 0xd7, 0xe5, 0xac, 0x76, 0x60,
858         0x7f, 0x6f, 0x49, 0x94, 0xd1, 0xbe, 0xaf, 0x19, 0xec, 0xe1, 0xee, 0x8d, 0x0c, 0xfc, 0x53, 0xb5,
859         0xe8, 0xf0, 0x4b, 0xd8, 0x8e, 0xf9, 0xa4, 0x26, 0xf1, 0xe1, 0xd6, 0xcc, 0xd6, 0x63, 0xf5, 0x4a,
860         0x3a, 0x26, 0x5f, 0x3c, 0x29, 0xc2, 0xf8, 0x45, 0x94, 0x8e, 0x47, 0x3c, 0x1b, 0xab, 0x97, 0x98,
861         0x7e, 0x43, 0xf9, 0xf9, 0x54, 0x34, 0x65, 0xc2, 0x7e, 0x9d, 0x7d, 0x54, 0x7c, 0xff, 0x43, 0xc8,
862         0x69, 0x4b, 0x47, 0xbe, 0xff, 0x6f, 0x00, 0x00, 0x00, 0xff, 0xff, 0xd7, 0x9f, 0xb6, 0x11, 0xc6,
863         0x09, 0x00, 0x00,
864 }